Žiga Zois se je uveljavil kot naravoslovec, mineralog in kot mentor slovenskih razsvetljencev. Posegal je tudi na področje geologije. Trdil je, da ves apnenec, ki gradi Triglavsko pogorje , izhaja iz morja. Da bi dokazal to svojo trditev, je organiziral odpravo na Triglavsko pogorje, ki se jo je udeležil tudi pesnik in duhovnik Valentin Vodnik, ki je takrat služboval v Koprivniku, v današnji občini Bohinj. 
Njegovo življenjsko delo pa je zbirka mineralov, ki jo danes lahko občudujemo v Prirodoslovnem muzeju Slovenije v Ljubljani, ki domuje v zgradbi Narodnega muzeja Slovenije. Zoisova zbirka mineralov je ena najlepših in najstarejših tovrstnih zbirk. Obsega okoli 5.000 kosov mineralov in kamnin. Na stalni muzejski razstavi si lahko ogledamo le okoli 300 primerkov, vse ostalo je varno shranjeno v depoju muzeja. Leta 1805. so po njem poimenovali mineral – zoisit. Zbirka je zelo pomembna tudi zato, ker je bila temelj za odprtja prvega muzeja na Slovenskem, leta 1831 v Ljubljani.